地球からもっとも遠い位置にあるスペースコロニー群サイド3が「ジオン公国」を名乗り、地球連邦政府に対する独立戦争を挑んでから約9か月後の宇宙世紀0079年。ジオン公国軍エースパイロットのシャア・アズナブルは、地球連邦軍のモビルスーツ（MS）開発計画を察知し、自ら部隊を率い潜入したサイド7にて新型MSガンダムと、その母艦となる強襲揚陸艦ペガサスを鹵獲する。ガンダムを手にしたジオン公国のMS開発計画は大幅な見直しが図られると共に飛躍的に発展し、シャアもまたニュータイプの素質を見出されたことで、新たにサイコミュとビットを搭載した赤いガンダムを愛機として、仲間のシャリア・ブルと共にMS戦術「M.A.V.（マヴ）」を確立させる。
戦争終盤、連邦軍は宇宙の拠点であるルナツーをジオン公国軍に総攻撃されるところまで追い詰められるが、その裏で制圧していた宇宙要塞ソロモンをジオン配下の月面都市グラナダに落下させる計画を断行する（第2次ソロモン会戦）。シャアはこれに対し、ペガサスから改称された強襲揚陸艦ソドンを旗艦とした、4隻の殴り込み艦隊によるソロモンの強襲破砕作戦を立案・決行。作戦を認可したキリシア・ザビも最後までグラナダ基地から退かない姿勢を見せるが、シャアの真の目的は、ザビ家への復讐のため、作戦を故意に失敗させてキシリアをグラナダごと葬り去ることにあった。シャアが自爆用ザクの起爆装置を停止させて彼の目論見が成功するかと思われたその時、ドズルを討った白の軽キャノンと会敵する。軽キャノンの放ったビームにより岩盤崩落に巻き込まれ、その直後にガンダムのサイコミュが突如暴走する。後にゼクノヴァと呼ばれるこの現象が発生したことで、ソロモンの一部が消失して落下軌道が変化し、結果としてソロモンはグラナダへは落ちずに終わる。宇宙での拠点を喪失した地球連邦政府は戦争の継続を断念し、宇宙世紀0080年1月3日に地球連邦政府はジオン公国に休戦を打診した。独立戦争（一年戦争）はジオン側の勝利で終結したものの、ゼクノヴァに巻き込まれたシャアはガンダムとともに行方不明となる。
Аматэ Юдзуриха — старшеклассница, мирно живущая в космической колонии, дрейфующей в открытом космосе. Когда она встречает военного беженца по имени Няан, Аматэ втягивается в незаконный вид спорта с мобильными дуэльными костюмами, известный как Битва кланов. Под именем «Мачу» она бросается в ожесточенные бои день за днем, пилотируя GQuuuuuuX. Затем перед ней появляется неопознанный мобильный костюм Гандам, преследуемый как космическими силами, так и полицией, вместе с его пилотом, мальчиком по имени Шууджи.
Теперь их мир вот-вот вступит в новую эру.
Amate Yuzuriha is a high-school student living peacefully in a space colony floating in outer space. When she meets a war refugee named Nyaan, Amate is drawn into the illegal mobile suit dueling sport known as Clan Battle. Under the entry name "Machu," she throws herself into fierce battle day after day, piloting the GQuuuuuuX. Then, an unidentified Gundam mobile suit pursued by both the space force and the police appears before her, along with its pilot, a boy named Shūji.
